まず、設立段階の費用で、株式会社と比べてメリットがあります。

合同会社では、作成した定款について公証人に認証してもらう必要がありません。ですから、認証にかかる手数料５万円が不要です。また、設立登記も最低ラインが６万円です（登録免許税法９条別表１、２４（一）ハ。株式会社は１５万円）。印紙代の４万円が必要な点は株式会社と同じです。全体では、株式会社と比べて約１４万円安くなります。

株式会社においては、貸借対照表（大会社の場合は、損益計算書も）を公告しなければなりませんが（会社法４４０条１項）、合同会社は社員以外の第三者に対して広く広告する必要はありません（会社法６１８条１項）。

確かに、公告のための作業が不要だという意味ではメリットではあるのですが、「合同会社であれば業績を見られないで済む」と考えているようでは、甘いでしょう。貸借対照表や損益計算書を作成する義務があるのですから（会社法６１７条１項２項）、経営努力で誰に見られても恥ずかしくない計算書類を作り、取引先や銀行からの信用を勝ち得るようにしましょう。

合同会社の最も大きなメリットは、定款自治です。

合同会社というと、何となく、「株式会社よりは小規模な会社」というイメージを持たれがちですが、世の中には著名な企業が株式会社から合同会社に移行した例があります。例えばiphoneやipodで有名なappleの日本法人は、「Apple Japan合同会社」です。また、小売チェーンのSEIYUは、「合同会社西友」です。このような大企業がこのような形をとっているのは、合同会社は、組織の運営について定款で自由に決めることができるという柔軟性を持っているからです（「定款自治」と呼ばれます）。

例えば、株式会社は、「所有と経営の分離」により、会社の所有者である株主が取締役に経営を委託するのが原則です。日常の業務は取締役会が決めて取締役が執行し（会社法３６２条、３４８条）、重要事項については株主総会が決定します（同２９５条、３０９条）。そして、監査役は取締役の業務の執行を監督する（３８１条１項）という形態が基本です。しかし、合同会社では、このような機関を置く必要がありません。社員同士が話し合って経営方針を決め、実行することが可能で、これを監視する期間を置く必要はありません。業務の決定方法も、社員の全員一致か、過半数か等自由に決めることができます。これにより、迅速かつ機動的な経営を行うことが可能です。

また、株式会社では、出資額に応じて配当を受けとります（同４５４条３項）が、合同会社では、業績への貢献度で決めても利益の分配を決めても構いません。会社設立又は入社に際して、金銭面で貢献することはできないが、高度な技術や知識で業績アップに貢献できる場合は、貢献度による分配の方が社員のインセンティブにつながります。

会社法の持分会社の規定を見ると、「定款に別段の定めがある場合を除き、」「定款で別段の定めをすることを妨げない。」という文言が多数出てきます。社員だけで内部的に決定できるとすると利害関係人が損害を被る等の理由から、定款で自由に定めることができないものも勿論ありますが、株式会社と比べると自由度は格段に高いと言えるでしょう。